Située à la limite des départements de la Saône-et-Loire et de la Côte d'Or, la Montagne des Trois Croix domine toute la région entre la Côte de Beaune et la Côte Chalonnaise.
L'ensemble est occupé par des pelouses et des pré-bois de chêne pubescent.
Comme pour d'autres secteurs du site, les conditions de sècheresse ont permis l'installation d'une faune d'origine méditerranéenne.
Chez les insectes, l'Ascalaphe, la Petite Cigale et la Mante religieuse sont abondants. On rencontre aussi de nombreux papillons dont le Silène et le Thècle de l'Acacia, toutes deux espèces méridionales.
Pour l'avifaune, citons la rarissime Fauvette orphée, le Circaète Jean-le-Blanc, la Pie-grièche écorcheur ou encore l'Alouette lulu.
La flore ne déroge pas à la règle et présente une tonalité méridionale (Erable de Montpellier, liseron cantabrique...) et/ou montagnarde (Inule des montagnes, Coronille faux séné...)
Il est a noter que parmi l'ensemble des entités du site, seule le versant occidental de la Montagne des 3 Croix présente les formations spécifiques liées aux éboulis. Cet habitat prioritaire est localisé en contrebas de la falaise de Saint-Jean et se constitue de clairières dans la chênaie pubescente du Bois de la Fée. On y observe de beaux et nombreux sujets d'Erable de Montpellier.
